La historia sigue a un estudiante de secundaria llamado Kei Nagai, que se ve atrapado en un accidente de tráfico, muere, pero inmediatamente revive y se entera de que no es humano, es un Ajin, una misteriosa criatura que no puede morir. Asustado, huye de los humanos, pero es ayudado por su amigo Kaito, que se une a él en su huir de la civilización. Luego se ve envuelto en un conflicto entrehumanos y Ajin y él debe elegir un bando.
