Shinichi Kudo, un detective adolescente de 17, se encuentra con unos hombres de negro cuando estaba en un parque de atracciones con su amiga de la infancia, Ran Mouri, de quien está secretamente enamorado. Los hombres de negro le dan un veneno para matarle, pero al abrir los ojos... ¡Su cuerpo había encogido al de un niño de 6 años! Para que no le descubran, se cambia de nombre a Conan Edogawa y se va a vivir con Ran. Nadie debe saber que el Shinichi, porque sino, todas las personas que le rodean estarían en peligro. Haciéndose pasar por un niño de 6 años, Conan deberá encontrar a la organización de los hombres de negro y encontrar el antídoto lo antes posible.
