Tras destruir la Tierra hace muchos años, la raza alienígena Gauna ha estado persiguiendo a los supervivientes de la humanidad, quienes, tras escapar por poco, huyeron a través de la galaxia en varias naves semilla gigantes. En el año 3394, Nagate Tanikaze emerge de su retiro de toda la vida en las profundidades de la nave semilla Sidonia en busca de alimento en los niveles superiores, solo para verse envuelto en acontecimientos que se desarrollan sin su conocimiento.
Cuando los Gauna inician su ataque contra Sidonia, Tanikaze, con la ayuda de sus compañeros soldados y amigos Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose y Yuhata Midorikawa, deberá defender la última esperanza de la humanidad y derrotar a sus enemigos alienígenas. Sidonia no Kishi narra la historia de Tanikaze mientras descubre el mundo que ha permanecido sobre él durante toda su vida y se convierte en el héroe que Sidonia necesita.
