Kazuki Sato, de 19 años, pasa sus días trabajando en la tienda de antigüedades de su abuela y sus noches sumergido en "Samurái del Código" — un videojuego clásico que nadie más parece recordar. Cuando limpia una vieja consola que llega a la tienda, su mundo da un vuelco: Kaito, el protagonista del juego, un samurái de cabello blanco y espada de luz, aparece en la vida real... y solo él puede verlo.
Un virus desconocido está consumiendo el universo virtual y empezando a distorsionar el nuestro, haciendo que criaturas digitales escapen y causen estragos. Para salvar ambos mundos, Kazuki y Kaito deberán encontrar los fragmentos del "Código Original" — objetos que ahora existen como antigüedades dispersas por Japón
Entre malentendidos con su hermana Ayumi, peleas contra entidades descontroladas y descubrimientos sobre el pasado de su familia, Kazuki entenderá que su conexión con el juego no es casual: su abuelo fue el creador de "Samurái del Código", y su propio ADN guarda la clave para cerrar el portal entre mundos.
